Els bilateris conformen un [[clade]]. Una filogènia proposada per als bilateris és la següent.<ref>Nielsen, C. 2001. Animal Evolution: Interrelationships of the Living Phyla. Second Edition. Oxford University Press, Oxford.</ref> N'existeix una d'alternativa que suggereix el grup basal dels [[ecdisozou]]s.
{{clade| style=font-size:75%;line-height:75%
|1={{clade
|label1=''[[Protostomia]]''
|1={{clade
|label1=''[[Spiralia]]''
|1={{clade
|label1=''[[Schizocoelia]]
|1={{clade
|1=''[[Sipuncula]]''
|label2=''[[Articulata]]''
|2={{clade
|1=''[[Mollusca]]''
|label2=''[[Euarticulata]]''
|2={{clade
|1=''[[Annelida]]''
|label2=''[[Panarthropoda]]''
|2={{clade
|1=''[[Onychophora]]''
|2={{clade
|1=''[[Tardigrada]]''
|2=''[[Arthropoda]]''
}}
}}
}}
}}
}}
|label2=''[[Bryozoa]]''
|2={{clade
|1=''[[Ectoprocta]]''
|2=''[[Entoprocta]]''
}}
|label3=''[[Parenchymia]]''
|3={{clade
|1=''[[Platyhelminthes]]''
|2=''[[Nemertini]]''
}}
|label4=''[[Gnathifera]]''
|4={{clade
|1=''[[Chaetognatha]]''
|2={{clade
|1=''[[Gnathostomulida]]''
|2=''[[Rotifera]]''
}}
}}
}}
|label2=''[[Cycloneuralia]]''
|2={{clade
|1=''[[Gastrotricha]]''
|label2=''[[Nematoida]]''
|2={{clade
|1=''[[Nematoda]]''
|2=''[[Nematomorpha]]''
}}
|label3=''[[Scalidophora]]''
|3={{clade
|1=''[[Priapulida]]''
|2={{clade
|1=''[[Kinorhyncha]]''
|2=''[[Loricifera]]''
}}
}}
}}
}}
|label2=''[[Deuterostomia]]''
|2={{clade
|1={{clade
|1=''[[Phoronida]]''
|2=''[[Brachiopoda]]''
}}
|2={{clade
|1=''[[Echinodermata]]''
|2=''[[Pterobranchia]]''
|3={{clade
|1=''[[Enteropneusta]]''
|2=''[[Chordata]]''
}}
}}
}}
}}
}}
La [[sistemàtica]] dels bilateris es basa en el destí embrionari del [[blastoporus]]; amb aquesta base es diferencien dos grans llinatges:
