T-Coffee: diferència entre les revisions

{{inacabat}}

{{Caixa Programari

|name=T-Coffee

|genre=Eina bioinformàtica

|license=[[GPL]]|Domini públic

'''T-Coffee''' ('''T'''ree-based '''C'''onsistency '''O'''bjective '''F'''unction '''F'''or alignment '''E'''valuation) és una aplicació bioinformàtica utilitzada per a l'[[alineament de seqüències|alineament múltiple de seqüències]] que utilitza un algoritme progressiu avaluat mitjançant la consistència emprant una llibreria d'alineaments.<ref name="pmid10964570">{{cite journal |author=Notredame C, Higgins DG, Heringa J |title=T-Coffee: A novel method for fast and accurate multiple sequence alignment |journal=J Mol Biol. |date=2000-09-08 |volume=302 |issue=1 |pages=205–217 |pmid=10964570 |doi=10.1006/jmbi.2000.4042}}</ref>

Aquesta eina incorpora altres funcionalitats com són la combinació de múltiples alineaments generats per diferents aplicacions M-Coffee,<ref name="pmid17526519">{{cite journal |author=Wallace IM, O'Sullivan O, Higgins DG, Notredame C. |title=M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee |journal=Nucleic Acids Res. |date=2006-03-23 |volume=34 |issue=6 |pages=1692-1699 |pmid=17526519 |doi=10.1093/nar/gkl091}}</ref>

la utilització de plantilles per dur a terme un alineament més acurat, que poden ser l'estructura en format d'arxiu [[PDB]] d'una o més [[proteïna | proteïnes]] de l'alineament 3D-Coffee/Expresso,<ref name="pmid15201059">{{cite journal |author=O'Sullivan O, Suhre K, Abergel C, Higgins DG, Notredame C |title=3DCoffee: combining protein sequences and structures within multiple sequence alignments |journal=J Mol Biol. |date=2004-07-02 |volume=340 |issue=2 |pages=385-395 |pmid=15201059|doi=10.1016/j.jmb.2004.04.058}}</ref> <ref name="pmid16845081">{{cite journal |author=Armougom F, Moretti S, Poirot O, Audic S, Dumas P, Schaeli B, Keduas V, Notredame C.|title=Expresso: automatic incorporation of structural information in multiple sequence alignments using 3D-Coffee |journal=Nucleic Acids Res. |date=2006-07-01 |volume=34 |issue=Web Server issue|pages=W604-W608 |pmid=16845081|doi=10.1093/nar/gkl092}}</ref> el pèrfil d'una seqüència generat mitjançant la combinació d'ella amb altres seqüències homòlogues PSI-Coffee o la estructura secundària d'[[ARN no codificant|ARN no codificants]] R-Coffee.<ref name="pmid18420654">{{cite journal |author=Wilm A, Higgins DG, Notredame C |title=R-Coffee: a method for multiple alignment of non-coding RNA |journal=Nucleic Acids Res. |date=2008-05 |volume=36 |issue=9 |pages=e52|pmid=18420654 |doi=10.1093/nar/gkn174}}</ref>

 

 

== Enllaços externs ==

 

[[Categoria:Bioinformàtica]]