Variant Òmicron del SARS-CoV-2

variant del SARS-CoV-2

La variant Òmicron del SARS-CoV-2, també coneguda per l'identificador de llinatge PANGO B.1.1.529, l'identificador de clade GISAID GR/484A i l'identificador de clade Nextstrain 21K,[1] és una variant preocupant del SARS-CoV-2, el virus que causa COVID-19. Es va informar per primera vegada a l'Organització Mundial de la Salut (OMS) des de Sud-àfrica el 24 de novembre de 2021.[2]

Variant Òmicron i altres variants preocupants principals o anteriors del SARS-CoV-2 representades en un arbre escalat radialment per distància genètica, derivat de Nextstrain l'1 de desembre de 2021
Casos confirmats acumulats de la variant Òmicron per país
Llegenda:
  •   100.000–999.999
  •   10.000–99.999
  •   1.000–9.999
  •   100–999
  •   10–99
  •   1–9
  •   0

La variant té un nombre inusualment gran de mutacions, algunes de les quals són noves, i diverses de les quals afecten la proteïna d'espícula utilitzada per a la majoria dels vaccins en el moment del seu descobriment. Aquest nivell de variació ha generat preocupacions pel que fa a la transmissibilitat, l'evasió del sistema immunitari i la resistència al vaccí. Com a resultat, la variant va ser designada ràpidament com a "preocupant", i diversos països van introduir restriccions a l'hora de viatjar per limitar o frenar la seva propagació internacional.[3][4][5]

En comparació amb les variants anteriors de preocupació, es creu que Òmicron és molt més contagiós (es propaga molt més ràpidament)[6] i ho fa al voltant de 70 vegades més ràpid[7] que qualsevol variant anterior als bronquis (vies respiratòries pulmonars), però és menys capaç de penetrar en el teixit pulmonar profund, i potser per aquest motiu hi ha una reducció considerable del risc de malaltia greu que requereixi l'hospitalització.[8] No obstant això, la taxa de propagació extremadament alta, combinada amb la seva capacitat per evadir tant la doble vacunació com el sistema immunitari del cos, significa que el nombre total de pacients que requereixen atenció hospitalària sigui gran.[8]

Les vacunes continuen oferint protecció contra la malaltia greu i l'hospitalització, especialment després d'administrar una tercera dosi d'una vacuna d'ARNm.[9][10] Les primeres xifres suggereixen que la doble vacunació ofereix entre un 30 i un 40% de protecció contra la infecció i al voltant del 70% de protecció contra l'hospitalització. Una tercera dosi de vacuna recent augmenta l'eficàcia contra la infecció al voltant del 75 per cent i el 88 per cent per a malalties greus.[11]

Nomenclatura

L'OMS se saltà les lletres ni (ν) i ksi (ξ), les següents lletres de l'alfabet grec, per a evitar confusions amb la paraula anglesa new ("nou") i el cognom xinès Xi, prou estès.[12][13]

Mutacions

La variant té moltes mutacions, algunes de les quals han preocupat els científics.[14] La variant Òmicron té un total de 60 mutacions en comparació amb la variant de referència/ancestral: 50 substitucions no sinònimes, 8 substitucions sinònimes i 2 mutacions no codificants.[15] Trenta-dues mutacions afecten la proteïna S, la principal diana antigènica dels anticossos generats per infeccions i de moltes vacunes àmpliament administrades. Moltes d'aquestes mutacions no s'havien observat en altres soques.[16][17]

Subvariants

BA.2

Els investigadors han establert l'existència de tres subllinatges d'Òmicron. El subllinatge "estàndard" ara s'anomena BA.1​/B.1.1.529.1, i els altres dos subllinatges es coneixen com BA.2​/B.1.1.529.2 i BA.3​/B.1.1.529.3.[18] Comparteixen moltes mutacions, però també difereixen significativament. BA.1 i BA.2 comparteixen 32 mutacions, però difereixen en 28.[19] Això els fa tan diferents com algunes altres variants principals,[20] i s'ha suggerit que BA.2 hauria de rebre el seu propi nom basat en l'alfabet grec.[19]

Una diferència notable entre la subvariant "estàndard" i BA.2 és que aquesta última no té la característica de supressió que causa la deleció del gen S (SGTF de l'anglès S Gene Target Failure) (Δ69-70) per la qual moltes proves de qPCR són capaces de detectar ràpidament un cas com a variant Òmicron (o Alfa), de la variant Delta anteriorment dominant (que a igual que la BA.2 no tenen aquesta deleció).[21][22] Així, els països que depenen principalment de l'SGTF per a la detecció poden passar per alt BA.2;[21] i les autoritats britàniques consideren que la detecció de només l'SGTF és insuficient per controlar la propagació d'Òmicron.[23] Això ha donat com a resultat que hagi estat anomenada Òmicron sigil·losa.[23] Com que encara es pot detectar mitjançant una seqüenciació completa normal, o comprovacions de determinades altres mutacions, el sobrenom és, tanmateix, inexacte.[19] Alguns països, com Dinamarca i Japó, utilitzen una variant qPCR que prova diverses mutacions, inclosa la L452R.[24][25] També pot distingir la Delta, que té L452R,[26] i tots els subllinatges d'Òmicron, que no tenen L452R.[27][28][29] El tercer subllinatge d'Òmicron, BA.3, és molt rar i no representa el mateix problema potencial en la detecció ja que té la supressió SGTF (Δ69-70), similar a BA.1.[30][31]

Al 24 de gener, les autoritats sanitàries daneses no havien detectat diferències entre BA.1 i BA.2 en hospitalitzacions o gravetat, i les primeres dades de l'Índia apunten en la mateixa direcció.[23][32][33] Els estudis noruecs mostren que la quantitat de virus a les vies respiratòries superiors és similar en els infectats amb BA.1 i BA.[34]

BA.2.12

Es van detectar dues noves subvariants BA.2 a l'estat nord-americà de Nova York, que són BA.2.12 i BA.2.12.1,[35][36] ambdues tenen un avantatge significatiu de creixement del 23-27% respecte a BA.2 i contribuint a un augment de les infeccions al centre de Nova York, centrades a Syracuse i el llac Ontario, que més tard es van convertir en dominants el 24 de maig als EUA.[37][38][39]

XE

L'OMS va trobar que un nou recombinant BA.1–BA.2 aïllat del Regne Unit el gener de 2022, batejat com el recombinant "XE", era potencialment un 10% més transmissible que BA.2, per la qual cosa és entre un 43% i un 76% a més transmissible que BA.1, i fent del recombinant XE la variant més contagiosa identificada.[40]

BA.2.12

S'han detectat dues subvariants noves de BA.2 a l'estat nord-americà de Nova York, que són BA.2.12 i BA.2.12.1, ambdues amb un avantatge significatiu de creixement del 23-27% respecte a BA.2 i que contribueixen a un augment de les infeccions al centre de Nova York, centrat a Syracuse i el llac Ontario, que més tard es van convertir en dominants el 24 de maig als EUA.[41]

BA.2.75

La subvariant BA.2.75 (anomenada Centaure pels mitjans de comunicació[42]), detectada per primera vegada a l'Índia el maig de 2022, ha estat classificada com a variant sota vigilància de l'OMS.[43]

BA.3

El tercer sublinatge Òmicron, BA.3, és molt rar. Té la mateixa supressió SGTF (Δ69-70) que BA.1.[44][31]

BA.4 i BA.5

L'abril de 2022, l'OMS va anunciar que estava fent un seguiment de les subvariants BA.4 i BA.5 amb BA.4 detectat a Sud-àfrica, Botswana, Dinamarca, Escòcia i Anglaterra.[45] Les primeres indicacions de les dades recollides a Sud-àfrica van suggerir que BA.4 i BA.5 tenen un avantatge significatiu de creixement respecte a BA.2, que el 12 de maig va obtenir l'estatus de Variant preocupant pel Centre Europeu per a la Prevenció i Control de Malalties i, el 20 de maig, per l'Agència de Seguretat Sanitària del Regne Unit.[46][47][48][49] La BA.5 poc després, el 25 de maig, era la dominant a Portugal, representant dos terços de tots els casos nous d'allà.[50]

Epidemiologia-Història

El 26 de novembre de 2021, l'OMS va designar B.1.1.529 com a variant preocupant i la va anomenar "Òmicron", després de la quinzena lletra de l'alfabet grec.[51] Omicron es va detectar per primera vegada el 22 de novembre de 2021 en laboratoris de Botswana i Sud-àfrica a partir de mostres recollides entre l'11 i el 16 de novembre.[52][53] La primera mostra coneguda es va recollir a Sud-àfrica el 8 de novembre.[54][55] El primer cas conegut, fora de Sud-àfrica, va ser una persona que va arribar a Hong Kong des de Sud-àfrica via Qatar l'11 de novembre, i una altra persona que va arribar a Bèlgica des d'Egipte via Turquia la mateixa data.[56][57] A partir del 7 de gener de 2022, la variant s'ha confirmat a 135 països.[58] Omicron té un nombre inusualment gran de mutacions en comparació amb variants anteriors.[59][15][60][61] Algunes de les mutacions són noves i impliquen canvis a la proteïna S que redueixen la capacitat de les vacunes contra la COVID-19 per prevenir la malaltia simptomàtica.[10]

Un article de desembre de 2021 a Science[62] observa que Òmicron no va evolucionar a partir de cap altra variant notable, sinó que va seguir una pista diferent, potser a mitjan 2020. L'article exposa tres teories que podrien explicar aquest sorprenent llinatge genètic:

  1. El virus podria haver circulat i evolucionat en una població amb poca vigilància i seqüenciació.
  2. Podria haver-se gestat en un pacient amb COVID-19 infectat crònicament.
  3. Podria haver evolucionat en una espècie no humana, de la qual recentment va tornar a passar a les persones.

Conseqüències

El 15 de desembre, el Centre Europeu de Prevenció i Control de Malalties va avaluar que, encara que la variant resulti més lleu que la Delta, la seva propagació molt probablement augmentarà les hospitalitzacions i les víctimes mortals a causa del creixement exponencial dels casos causat per l'augment de la transmissibilitat.[63]

Referències

  1. «Tracking SARS-CoV-2 variants» (en anglès).
  2. «Classification of Omicron (B.1.1.529): SARS-CoV-2 Variant of Concern», 26-11-2021. Arxivat de l'original el 26 novembre 2021.
  3. https://www.ccma.cat/324/primers-casos-sospitosos-a-europa-de-la-nova-variant-mentre-el-mon-intenta-contenir-la/noticia/3132307
  4. https://www.ara.cat/internacional/alemanya-anuncia-cas-sospitos-nova-variant-covid-19_1_4195933.html
  5. https://beteve.cat/economia/espanya-suspendra-vols-sud-africa-botswana-nova-variant-covid/
  6. Omicron: Good news, bad news and what it all means BBC
  7. «HKUMed finds Omicron SARS-CoV-2 can infect faster and better than Delta in human bronchus but with less severe infection in lung» (en anglès). [Consulta: 26 desembre 2021].
  8. 8,0 8,1 «Lung tissue study sheds light on fast Omicron spread».
  9. «SARS-CoV-2 T Cell Responses Elicited by COVID-19 Vaccines or Infection Are Expected to Remain Robust against Omicron». Viruses, 14, 1, gener 2022, pàg. 79. DOI: 10.3390/v14010079. PMC: 8781795. PMID: 35062283.
  10. 10,0 10,1 «Diminished antibody response against SARS-CoV-2 Omicron variant after third dose of mRNA vaccine in kidney transplant recipients» (en anglès). Falta indicar la publicació, 06-01-2022, pàg. 2022.01.03.22268649. Arxivat de l'original el 11 gener 2022. DOI: 10.1101/2022.01.03.22268649.
  11. «How Effective Are COVID-19 Vaccines Against Omicron?» (en anglès), 07-01-2022. Arxivat de l'original el 16 gener 2022.
  12. Parekh, Marcus; Platt, Poppie; Team, Global Health Security; Barnes, Joe «Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears» (en anglès). The Telegraph, 26-11-2021. ISSN: 0307-1235 [Consulta: 28 novembre 2021].
  13. Patel, Vimal «How Omicron, the New Covid-19 Variant, Got Its Name» (en anglès). The New York Times, 27-11-2021. ISSN: 0362-4331 [Consulta: 28 novembre 2021].
  14. «What we know so far about the B.1.1.529 'Omicron' COVID variant causing concern». Euronews, 26-11-2021.
  15. 15,0 15,1 William A. Haseltine «Omicron Origins». Forbes, 02-12-2021.
  16. «What we know about Omicron variant that has sparked global alarm». Financial Times, 26-11-2021.
  17. «Heavily mutated Omicron variant puts scientists on alert». Nature, 600, 7887, desembre 2021, pàg. 21. Arxivat de l'original el 26 novembre 2021. Bibcode: 2021Natur.600...21C. DOI: 10.1038/d41586-021-03552-w. PMID: 34824381.
  18. «Lineage B.1.1.529». PANGOLIN, 19-12-2021. Arxivat de l'original el 20 desembre 2021.
  19. 19,0 19,1 19,2 «What is ‘stealth Omicron’? The rise of the subvariant is alarming some scientists who say it needs its own Greek letter». Fortune, 21-01-2022 [Consulta: 23 gener 2022].
  20. «En subvariant af omikron, BA.2, udgør nu knap halvdelen af alle danske omikrontilfælde» (en danès). Statens Serum Institut, 19-01-2022. Arxivat de l'original el 20 gener 2022.
  21. 21,0 21,1 «Scientists find 'stealth' version of Omicron that may be harder to track». www.theguardian.com, 07-12-2021.
  22. «Stealth Omicron: What is The Fast Spreading Omicron BA.2 Sub-Variant That Can Escape RT-PCR Test?». india.com, 23-01-2022.
  23. 23,0 23,1 23,2 «Government scientists monitoring new BA.2 variant of Omicron». Yahoo News, 21-01-2022 [Consulta: 21 gener 2022].
  24. «Variant-PCR-testen (tidl. Delta-PCR-testen)» (en danish). Statens Serum Institut, 21-12-2021. Arxivat de l'original el 7 febrer 2021.
  25. «SARS-CoV-2の変異株B.1.1.529系統(オミクロン株)について(第6報)» (en japanese). National Institute of Infectious Diseases (Japan), 14-01-2022. Arxivat de l'original el 20 gener 2022. [Consulta: 24 gener 2022].
  26. «Delta Variant Report». outbreak.info (Scripps Research), 13-12-2021. Arxivat de l'original el 19 desembre 2021.
  27. «BA.1 Lineage Report». outbreak.info (Scripps Research), 19-12-2021. Arxivat de l'original el 16 desembre 2021.
  28. «BA.2 Lineage Report». outbreak.info (Scripps Research), 21-01-2022. Arxivat de l'original el 13 desembre 2021.
  29. «COVID-19 variants identified in the UK». UK Health Security Agency, 21-01-2022. Arxivat de l'original el 23 gener 2022.
  30. «Lineage BA.3». PANGOLIN, 25-01-2022.
  31. 31,0 31,1 «BA.3 Lineage Report». outbreak.info (Scripps Research), 19-12-2021. Arxivat de l'original el 20 desembre 2021.
  32. «There's a new version of omicron but so far it doesn't appear to be more dangerous». Washington Post, 25-01-2022 [Consulta: 25 gener 2022].
  33. «Ny Omikron-variant tager over i Danmark - det ved vi om den» (en danès). TV2, 21-01-2022 [Consulta: 21 gener 2022].
  34. «COVID-19 Ukerapport – uke 2» (en noruec). Norwegian Institute of Public Health, 19-01-2022. Arxivat de l'original el 27 gener 2022. [Consulta: 25 gener 2022].
  35. Lee, Bruce Y. «New BA.2.12.1 Omicron Subvariant Is Even More Contagious, Fueling Covid-19 Upswing In New York State» (en anglès).
  36. Doucleff, Michaeleen «2 new omicron variants are spreading in N.Y. and elsewhere. Here's what we know» (en anglès). NPR, 14-04-2022.
  37. «New, highly transmissible forms of omicron may pose latest covid threat» (en anglès). Washington Post.
  38. Tapp, Tom. «Omicron BA.2.12.1 Becomes Dominant Covid Variant in U.S., Accounting For 58% Of New Cases» (en anglès americà), 24-05-2022.
  39. Hassan, Adeel «Another Omicron subvariant, known as BA.2.12.1, has become the dominant form among new U.S. virus cases.» (en anglès). The New York Times, 24-05-2022.
  40. «The recombinant variants of SARS-CoV-2: Concerns continues amid COVID-19 pandemic». Journal of Medical Virology, 94, 8, agost 2022, pàg. 3506–3508. DOI: 10.1002/jmv.27780. PMC: 9088633. PMID: 35419806.
  41. «COVID-19 in 2022-The Beginning of the End or the End of the Beginning?». JAMA, 327, 24, juny 2022, pàg. 2389–2390. DOI: 10.1001/jama.2022.9655. PMID: 35622357.
  42. Evon, Dan. «Why Are People Calling COVID-19 Variant BA.2.75 'Centaurus'?» (en anglès americà), 14-07-2022.
  43. «Tracking SARS-CoV-2 variants» (en anglès).
  44. «Lineage BA.3». PANGOLIN, 25-01-2022. Arxivat de l'original el 27 gener 2022.
  45. «WHO monitoring 2 more Omicron sub-variants known as BA.4 and BA.5». Canadian Broadcasting Corporation, 11-04-2022.
  46. @Tuliodna. «New Omicron BA.4 & BA.5 detected in South Africa, Botswana, Belgium, Germany, Denmark, and U.K. Early indications that these new sublineages are increasing as a share of genomically confirmed cases in SA».
  47. Newsroom, Medriva. «BREAKING: ECDC upgrades Omicron Sublineages BA.4 and BA. 5 to Variants of Concern from Variants of Interest, making it the first public health authority» (en anglès americà), 13-05-2022.
  48. «Ireland and Europe at risk of new Covid surge as two new variants of concern declared» (en anglès).
  49. «Two types of Omicron classified as Covid variants of concern in UK» (en anglès), 20-05-2022.
  50. «Variant BA.5 : après le Portugal, les autres pays européens» (en francès), 25-05-2022.
  51. «Coronavirus latest news: EU suspends all flights to southern Africa over omicron Covid variant fears» (en anglès). The Telegraph, 26-11-2021.
  52. «The scientist in Botswana who identified omicron was saddened by the world's reaction». Goats and Soda. NPR, 16-12-2021.
  53. «Inside the South African lab that discovered Omicron». Africanews, 09-12-2021.
  54. «Omicron becomes dominant variant in South Africa». The Guardian, 02-12-2021.
  55. «SARS-CoV-2 Sequencing Update 1 December 2021». South African National Institute for Communicable Diseases. Arxivat de l'original el 1 desembre 2021.
  56. «Wat weten we al over de nieuwe coronavariant, de omikron?» (en dutch). De Tijd [Belgium], 29-11-2021.
  57. Philip Whiteside «COVID-19: how the spread of Omicron went from patient zero to all around the globe». Sky News, 30-11-2021.
  58. «Enhancing Readiness for Omicron (B.1.1.529): Technical Brief and Priority Actions for Member States». WHO, 17-12-2021. Arxivat de l'original el 29 novembre 2021.
  59. «Covid-19: Omicron may be more transmissible than other variants and partly resistant to existing vaccines, scientists fear». BMJ, 375, novembre 2021, pàg. n2943. Arxivat de l'original el 2 desembre 2021. DOI: 10.1136/bmj.n2943. PMID: 34845008.
  60. «Evidence for a mouse origin of the SARS-CoV-2 Omicron variant». Journal of Genetics and Genomics = Yi Chuan Xue Bao, 48, 12, desembre 2021, pàg. 1111–1121. DOI: 10.1016/j.jgg.2021.12.003. PMC: 8702434. PMID: 34954396.
  61. «Omicron: a mysterious variant of concern» (en anglès). The European Physical Journal Plus, 137, 1, 10-01-2022, pàg. 100. Bibcode: 2022EPJP..137..100G. DOI: 10.1140/epjp/s13360-021-02321-y. ISSN: 2190-5444. PMC: 8743750. PMID: 35036269.
  62. «Where did 'weird' Omicron come from?» (en anglès). Arxivat de l'original el 22 desembre 2021.
  63. Assessment of the further emergence and potential impact of the SARS-CoV-2 Omicron variant of concern in the context of ongoing transmission of the Delta variant of concern in the EU/EEA, 18th update (Technical report). Stockholm: European Centre for Disease Prevention and Control. 15 desembre 2021.

Vegeu també