Common Workflow Language
El Common Workflow Language (CWL) és un estàndard per descriure fluxos de treball computacionals d'anàlisis de dades.[1] El desenvolupament del CWL està enfocat sobretot per a usos intensius de dades, com el que es donen a la bioinformàtica, amb imatges mèdiques, a l'astronomia, a la física o a la química.[2] Un dels objectius clau del CWL és que el flux de treball pugui ser portable i, per tant, reproduïble en entorns computacionals diferents.
  | |
| Tipus | estàndard obert, comunitat, organització, format de fitxer i workflow language (en)  |
|---|---|
| Versió inicial | 10 juliol 2014 |
| Versió estable | 1.0.2 (23 juliol 2019)
|
| Llicència | Llicència Apache, versió 2.0 |
| Disponible en | |
| Equip | |
| Creador/s | Michael R Crusoe, Peter Amstutz (en) , John Chilton (en) i Nebojša Tijanić (en) |
| Més informació | |
| Lloc web | commonwl.org (anglès) |
|
| |
   | |
El CWL sorgeix de les de discussions durant el 2014 entre Peter Amstutz, John Chilton, Nebojsa Tijanic, i Michael R. Crusoe (dels programes Galaxy, Arvados, i Seven Bridges) durant la conferència BOSC 2014 de l'Open Bioinformatics Foundation.[3]
CWL és compatible amb diferents entorns, com ara com Apache Airflow (gràcies a CWL-Airflow), Arvados, Rabix, i Toil, i va ser considerat el 2017 com una de les tendències futures en el desenvolupament d'eines d'anàlisis bioinformàtiques.[4] Altres entorns que poden utilitzar CWL són: Apache Taverna, Cromwell workflow Engine, Galaxy, i REANA - Reusable Analyses.[5]
Disponibilitat
modificaLes especificacions del CWL es desenvolupen de forma informal per un grup de diferents proveïdors compost per organitzacions i individus, que fan disponible llurs contribucions a un repositori de Github sota la Llicència Apache 2.0.
Referències
modifica- ↑ «Common Workflow Language, v1.0» (en anglès), 08-07-2016. DOI: 10.6084/m9.figshare.3115156.v2. [Consulta: 14 febrer 2019].
- ↑ Leipzig, Jeremy «A review of bioinformatic pipeline frameworks» (en anglès). Briefings in Bioinformatics, 18, 3, 01-05-2017, pàg. 530–536. DOI: 10.1093/bib/bbw020. ISSN: 1467-5463.
- ↑ «Codefest 2014 - Open Bioinformatics Foundation». [Consulta: 14 febrer 2019].
- ↑ http://www.commonwl.org/
- ↑ «Common Workflow Language». [Consulta: 14 febrer 2019].