El [[príncep-elector]] [[Frederic I de Prússia]] de [[Brandenburg]] va fundar l'acadèmia amb el nom de ''Kurfürstlich Brandenburgische Societät der Wissenschaften'' ("Societat Electa de Ciències de Brandenburg") seguint el consell de [[Gottfried Leibniz]], que va ser nomenat president. A diferència d'altres acadèmies, l'Acadèmia Prussiana no va ser finançiada directament de les arques de l'Estat. Federic li va concedir el monopoli de la producció i venda de [[calendari]]s a Brandenburg, un suggeriment de Leibniz. Com Federic va ser coronat "[[Rei de Prússia]]" en 1701, la creació del regne de [[Prússia]], l'acadèmia va passar a anomenar-se ''Königlich Preussische Sozietät der Wissenschaften'' ("Reial Societat de Ciències de Prússia"). Mentre que altres acadèmies es va centrar en alguns temes, l'Acadèmia Prussiana va ser la primera a ensenyar tant a les ciències i les humanitats. En 1710, es va establir els estatut sde l'acadèmia, dividint-la en dos l'acadèmia de ciències i dues classes d'humanitats.
