Des del 1946, Hoxha també va engegar una persecució religiosa sense paliatiuspal·liatius, tot eliminant els clergues que se li oposaven. El març del 1947 foren assassinats dos prominents dirigents [[bektashi]], Baba Fajo i Baba Fejzo; també va fer desaparèixer el muftí de [[Durrës]], Mustafa Efendi Varoshi, el gran muftí d'Albània, Hafed Ibrahim Dibra, i Sheh Xhemal Pazari de Tirana. El 1948 foren afusellats el representant de la Delegació Apostòlica i el bisbe de Sappa, els bisbes Volai, Ghini i tres mes, i el jurista musulmà Mustafa Pipa, defensor dels franciscans, i empresonats el vicari general de [[Shkodër]], Gaspar Thaçi (qui morira en arrest domiciliari) i l'arquebisbe de Durrës, [[Vicenz Prennushi]], qui moriria de les tortures sofertes; el 1949 també va exilar el bisbe ortodox Kissi. El 1958 van empresonar els bisbes de Shkoder, [[Anton Fishta]] i Ernest Coba.
Endemés, el 1967 es va decidir el tancament de totes les institucions religioses i l'obertura d'un "museu de l'ateisme", alhora que anunciaven cofois i orgullosos que "l'última i més parasitària forma d'explotació de masses havia estat exterminada".
