L'[[impacte ambiental]] de les motos de neu ha estatsigut un tema de continu debat. La majoria de les motoneus són impulsades per motors de dos temps, i fins i tot [[Yamaha Motor Company Limited|Yamaha]] utilitza motors de quatre temps des del 2003. En l'última dècada molts fabricants han experimentat amb motors menys contaminants, i han llançat alguns d'aquests al mercat. Yamaha i Arctic-Cat van ser els primers a produir de forma massiva els models amb motors de quatre temps, que redueixen significativament els gasos contaminants en comparació dels antics motors de dos temps. Els motors SDI de dos temps de la companyia Bombardier emeten 60% menys contaminants que l'antiga versió amb carburador de dos temps. Polaris està utilitzant la tecnologia d'[[injecció de combustible]] cridada "Cleanfire Injection" en la seva versió de dos temps. La indústria està també treballant en una versió d'injecció directa que actualment és una millora a la versió amb carburador del motor de quatre temps en termes d'emissions de [[Òxids de nitrogen|NOx]]. El model Ski-Doo és l'única moto de neu de dos temps permesa al [[Parc Nacional de Yellowstone]] dels Estats Units.
L'impacte ambiental de l'ús de motos de neu ha dut a mesures com la presa el 4 de novembre del 2004 per [[National Park Service|Servei de parcs nacionals]] dels Estats Units, limitant l'ús de motoneus al Parc de Yellowstone a 720 per dia. D'igual forma al [[Parc Nacional de Grand Teton]], així com al ''John D. Rockefeller, Jr., Memorial Parkway'', es va limitar l'ús a 140 motoneus al dia.
