L'any [[1463]] va ser nomenada abadessa, càrrec que va exercir durant la resta de la seva vida amb gran eficàcia i responsabilitat. Se sap que es va preocupar d'acabar les obres d'aquell convent i que va lluitar per seguir de ben a prop la pietat i l'espiritualitat de les religioses segons les normes marcades per [[Clara d'Assís]].
== La seuaseva obra ==
[[File:Vita Christi d'Isabel de Villena al monestir de la Trinitat de València.JPG|thumb|''Vita Christi'' villeniana]]
''Vita Christi'' és una narració sobre la vida de [[Jesucrist]] escrita amb el propòsit d'il·lustrar les monges del seu convent. La seuaseva originalitat rau en el fet que l'autora és capaç d'omplir-la amb la seuaseva prodigiosa imaginació i el seu punt de vista femení. Així, el que havia de ser una vida de Crist esdevé en les seuesseves mans la vida de la [[Mare de Déu]]: el llibre comença i acaba amb el naixement de la Verge i la seuaseva assumpció al cel.<ref name=doness>{{ref-llibre|títol=Isabel de Villena (1430-1490): sexuar la lectura de la Bíblia |lloc=Barcelona|editorial=[[Institut Català de les Dones]]|any=2008|url= http://www20.gencat.cat/portal/site/icdones/menuitem.4b491b5fa301c8a439a72641b0c0e1a0/?vgnextoid=8f7d7a0b75f5f110VgnVCM1000008d0c1e0aRCRD&vgnextchannel=8f7d7a0b75f5f110VgnVCM1000008d0c1e0aRCRD&vgnextfmt=default|consulta=20 d'agost de 2013}} </ref> Molt probablement, coneixeria la ''Vita Christi'' de Ludolf de Saxònia, que va tenir una ampli èxit i difusió, però va marcar la seuaseva obra amb uns trets originals, entre altres elements inspirant-se en els evangelis apòcrifs i en els evangelis gnòstics, que es varen escriure en els dos primers segles del cristianisme per prohibir-se poc després.
