La versió oficial al segle XVI era que la Reina Joana havia estat retirada del tron per la seva incapacitat derivada d'una malaltia mental. Ha estat escrit que patís de [[malenconia]], trastorn depressiu greu, [[psicosi]], [[esquizofrènia]]<ref>Gómez et al, 2008, p. 9, 12-13, 85</ref><ref>Rubin Stuart, 2004, p. 404</ref> heretada. Hi ha debat sobre el diagnòstic de la malaltia mental, tenint en compte que els seus símptomes van empitjorar per un confinament forçat i submissió als altres. També s'ha especulat que podria haver heretat el mal d'alguns dels familiars materns, ja que la seva àvia materna, [[Isabel de Portugal i d'Aragó|Isabel de Portugal]], Reina de Castilla, va patir el mateix durant la seva viduïtat quan seu fillastre la va exiliar al castell d'Arévalo, a Àvila. Gustav Bergenroth fou el primer, en la dècada de 1860, que van trobar documents a Simancas i altres fitxers mostrant que l'anomenada Juana la Loca, de fet havia estat víctima d'una conspiració encapçalada pel seu pare, Ferran i confirmada més tard pel seu fill Carles.10