Amb Carles IV en el tron des de [[1788]], la reina va demostrar jugar un paper fonamental en la política espanyola; amb una personalitat dominant, se situava al costat del seu espòs en el moment de rebre els ministres i va resultar ser tenir més capacitat, intel·ligència i ambició que el seu marit.<ref name=sapiens/> Tot i això, la seva persona es va veure esquitxada per una sèrie d'escàndols relacionats amb infidelitats dels quals la reina no se'n preocupava; el rumor d'infidelitat més conegut fou amb [[Manuel Godoy]], del qual mai va haver-hi cap prova;<ref name=sapiens/> s'arriba a especular que l'infant [[Francesc de Paula de Borbó|Francesc de Paula]] era fill del favorit.<ref>{{ref-publicació|cognom=Moral Roncal|nom=Antonio Manuel|títol=El Infante don Francisco de Paula Borbón: masonería y progresismo a la sombra del trono|publicació=Investigaciones históricas: Época moderna y contemporánea|exemplar=20|url=http://dialnet.unirioja.es/servlet/articulo?codigo=66477|any=2000|issn=0210-9425}}</ref> La introducció del favorit Godoy a la cort i el seu imparable ascens va crear crispació i la reina va ser l'objectiu de crítiques i rumors infundats; l'Església arribà a titllar-la de ''zorra'' mentre també encenia els ànims contra Godoy.<ref name=publico>{{ref-notícia|cognom=Carrón|nom=Concha|títol=Ni Godoy fue un traidor, ni María Luisa de Parma "una zorra"|publicació=Público|url=http://www.publico.es/culturas/68744/ni-godoy-fue-un-traidor-ni-maria-luisa-de-parma-una-zorra|consulta=20 novembre 2013|data=10/04/2008|llengua=castellà}}</ref>
Després de les [[abdicacions de Baiona]], la reina seguí el seu marit a França i, finalment, a Itàlia. Els seguí Godoy, qui estava lligat sentimentalment a la reina,<ref name=sapiens/> si bé possiblement la seva relació mai va arribar a ser carnal.<ref name=publico/>
