FillÉs fill del psiquiatre [[Joaquim Alier i Gómez]], i de l'escriptora Maria Teresa Aixalà i Farreras.<ref>{{ref-publicació|cognom=Barba|nom=Carles|títol=El factor humano|publicació=Culturas|data=7 desembre 2005|pàgines=p. 12|url=http://hemeroteca.lavanguardia.com/preview/2005/12/07/pagina-12/44236729/pdf.html|llengua=castellà|editorial=La Vanguardia}}</ref> nasquéNasqué el 1941 a la població veneçolana de Los Teques, on s'havia exiliat la seva família.<ref>{{ref-web|url=http://www.galeriametges.cat/galeria-fitxa.php?icod=MI|consulta=19 novembre 2013|títol=Joaquim Alier i Gómez|editor=Galeria de Metges Catalans. Col·legi Oficial de Metges de Barcelona}}</ref> Posteriorment, es traslladà amb els seus pares als [[Estats Units]], [[Austràlia]], [[Nova Guinea]] i l'[[illa de Java]] i el 1951, a [[Barcelona]], on faria el batxillerat. Després va començar la carrera de [[Medicina]] i, d'amagat de la família, la de [[Filosofia i Lletres]]. Els estudis els pagava fent classes d'anglès en una escola del Poble Nou, on hi va estar durant vint anys, i en una agència de viatges on feia hores a les tardes.<ref name=Espinàs>{{ref-web|url=http://www.tv3.cat/videos/3189990/Roger-Alier|títol=L'escriptor Josep Maria Espinàs entrevistava Roger Alier el 2 de juny del 1994.}}</ref> Féu també estudis de piano -instrument que ja havia après a casa amb la seva mare- al Conservatori de Barcelona.
Més tard estudià la carrera d'Història Moderna (1970).<ref name="AlierAixalà2008"/> Investigà la figura de l'il·lustrat i fabricant setcentista [[Joan Pau Canals i Martí]], baró de la Vallroja. Obtingué el premi extraordinari de doctorat amb la tesi ''Els orígens de l'òpera a Barcelona'' (1979),<ref name="GEC">{{GEC|0002638|Roger Alier i Aixalà}}</ref> publicada posteriorment per l'Institut d'Estudis Catalans. Estudià també aspectes de la música modernista, com ''La Societat Coral Catalunya Nova'' (1972), i publicà amb [[Montserrat Albet]] una ''Bibliografia crítica de la "festa" o "Misteri d'Elig"'' (1975).<ref name="GEC"/>
