Als 4 quilòmetres de l'inici de l'etapa [[Kasper Asgreen]] intentenintenta l'escapada i [[Thomas De Gendt]] li surt a roda. Veient que De Gendt no li dona cap relleu, Asgreen baixa el ritme i poc després son neutralitzats pel gran grup. Un cop atrapats els dos escapats, no es produiria cap intent més d'escapada. Durant la jornada, les classificacions secundàries amenitzarien inicialment una mica l’etapa. A l'esprint intermedi, situat al [[L'Espina (Alts Alps)|L'Espina]] (km 48), s'imposta el campió irlandès [[Sam Bennett]], per davant del seu company [[Michael Mørkøv]] i de l'australià [[Caleb Ewan]]. Pel que fa al mallot blanc a punts, [[Benoît Cosnefroy]] s'imposa a les dues ascensions del dia amb el permís del gran grup, fet que li permet ampliar la seva avantatge al capdavant de la classificació de la muntanya. A 9 quilòmetres de la línia d'arribada l'esforç del l'equip [[Team Ineos|Ineos]] provoca un tall que deixa enrere part del gran grup. Entre els corredors que veuen tallats es troben [[Thibaut Pinot]] i [[Bauke Mollema]], tot i que finalment aconsegueixen recuperar-se i tornar a contactar amb el grup capdavanter. L'intent de [[Michael Schär]] sota la bandera dels dos darrers quilòmetres, de guanyar l'etapa es ràpidament neutralitzat i l’etapa finalitza amb un altre esprint massiu, en el qual s'imposà [[Wout Van Aert]] per davant de [[Cees Bol]] i del campió irlandès Sam Bennett, que s’emportà la mallot verd de [[Peter Sagan]].<ref>{{Ref-web|url=https://as.com/ciclismo/2020/09/02/tour_francia/1599056542_293380.html|títol=Etapa 5 del Tour de Francia 2020: así queda la clasificación general|consulta=6 de setembre de 2020|llengua=castellà|editor=as.com|data=02-09-2020}}</ref>
Julian Alaphilippe va rebre una de 20 segons pel fet de rebre un bidó en els últims 20 quilòmetres, fet que estava prohibit. Amb aquesta sanció va retrocedir fins la 16ena posició, perdent el liderat de la classificació general en favor d'Adam Yates. Primož Roglič i el mallot blanc Tadej Pogačar completaren les 3 primeres posicions a 3 i 7 segons del nou lider.<ref>{{Ref-web|url=https://www.eltiempo.com/deportes/ciclismo/julian-alaphilippe-fue-sancionado-y-ya-no-es-el-lider-del-tour-de-francia-2020-535537|títol=La increíble razón por la que Julian Alaphilippe ya no es el líder|consulta=6 de setembre de 2020|llengua=castellà|editor=eltiempo.com|data=02-09-2020}}</ref>
