[[Fitxer:Stegosaurus_size.png|miniatura|esquerra|Comparativa de mida entre un estegosaure i un home]]
Els trets més notables d'aquests animals són les seves quatre punxes de fins a 60 centímetres a la cua i sobretot la filera d'amples plaques que coronaven la seva esquena. La seva posició ha sigut força discutida anteriorment, arribant a suggerir-se que es distribuïen paral·leles sobre el tronc o àdhuc enganxades al cos a manera d'[[armadura]]. Tot i això, el coneixement actual permet assegurar que es distribuïen en dues fileres sobre el tronc, de forma aleatòria i en posició vertical. El seu paper defensori era menyspreable a causa del seu escàs gruix i forta vascularització, de manera que probablement tenien un paper més dissuasiu que altra cosa: sobre el tronc de l'animal, aquest semblaria encara més gran als seus predadors com ara l'[[al·losaure]] i el [[ceratosaure]]. S'ha suggerit darrerament que la vascularització de les plaques podria tenyir-les de colors vius a voluntat de l'animal, bombant la sang amb força vers elles, i podent així tenir un paper de reclam sexual o augmentant el seu poder dissuasiu. Una altra teoria les considera una eina termoreguladora. Avui en dia, els dinosaures són considerats animals de sang calenta, de manera que les plaques no servirien per escalfar l'animal com es va arribar a creure, sinó per refredar-lo. Com que no mastegava el seu aliment, l'estegosaure s'empassava enormes quantitats de plantes que fermentaven dins dels seus grans [[intestins]]: això originava enormes quantitats d'escalfor que eren emeses a l'exterior mitjançant les plaques, salvant l'animal de rostir-se amb el seu propi metabolisme. Un experiment amb una maqueta que reproduïa la forma d'un estegosaure corroborà aquesta idea. També s'observa que les plaques són progressivament més amples segons augmenta la mida entre els membres de la família [[Stegosauridae]], de la qual aquesta espècie és la més gran.
