Simulació molecular: diferència entre les revisions
Contingut suprimit Contingut afegit
m Càrrega elèctrica |
|||
Línia 1:
'''Simulació molecular''' o '''Modelat Molecular''' és un terme complex que fa referència a una sèrie de mètodes teòrics i tècniques computacionals per a [[modelar]] o mimetitzar el comportament de les [[molècula|molècules]]. Aquestes tècniques són emprades en els camps de la [[química computacional]], la [[biologia computacional]] i la [[ciència de materials]] per tal d'estudiar sistemes moleculars que comprenen des de petits sistemes químics fins a grans molècules biològiques i compostos de materials. També s'utilitza en el disseny de nous materials i de [[fàrmac]]s.
Els càlculs més senzills poden realitzar-se a mà, però inevitablement els ordinadors són necessaris per portar a terme el modelat molecular de qualsevols sistema d'una mida raonable. El tret comú de les tècniques de modelat molecular és la descripció a nivell atòmic dels sistemes moleculars; el mínim nivell d'informació és a escala d'[[àtom]]s individuals (o de petits grups d'àtoms) més baix. Aquest fet contrasta amb la [[química quàntica]] (també coneguda com càlcul de l'estructura electrònica), en la qual els [[
La [[Mecànica Molecular]] és sinònim de modelat molecular, ja que fa referència a l'ús de la [[mecànica clàssica]]/[[mecànica Newtoniana]] per tal de descriure els principis físics dels models. Els models moleculars descriuen normalment àtoms ([[nucli atòmic|nucli]] i electrons conjuntament) com a [[Càrrega elèctrica|càrregues]] puntuals amb una [[massa]] associada. Les interaccions entre àtoms veïns són descrites mitjançant interaccions de tipus molla (les quals representen els [[enllaç químic||enllaços]] químics) i les [[força de van der Waals|forces de van der Waals]]. El [[potencial de Lennard-Jones]] s'empra freqüentment per a descriure les [[força de van der Waals|forces de van der Waals]]. Les interaccions electrostàtiques es calculen segons les lleis de [[Coulomb]]. S'assignen coordenades als àtoms ja sigui en l'[[espai cartesià]] o en coordenades internes, i simulacions dinàmiques poden també assignar-les-hi les velocitats. Les velocitats atòmiques estan relacionades amb la temperatura del sistema, una mesura macroscòpica. L'expressió matemàtica col·lectiva és coneguda com a [[funció potencial]] i està relacionada amb l'[[energia interna]] del sistema (U), una mesura termodinàmica equivalent a la suma de les energies [[cinètica]] i [[potencial]]. Methods which minimize the potential energy are known as energy minimization techniques (e.g., [[steepest descent]] and [[conjugate gradient]]), while methods that mànica odel the behaviour of the system with propagation of time are known as [[molecular dynamics]].
|