Va quedar llavors establert un esbós de l'[[arbre filogenètic]] de totes les angiospermes, identificant-se diversos [[clade]]s importants que involucraven moltes famílies. En moltes oportunitats aquest nou coneixement de la filogenia va revelar relacions que es trobaven en conflicte amb les classificacions modernes àmpliament utilitzades (com les prèviament descrites per Cronquist, Thorne i Takhtajan) les quals estaven basades en similituds escollides ''a priori'' i en diferències morfològiques.<ref>The Angiosperm Phylogeny Group. 2003. An update of the Angiosperm Phylogeny Group
classification for the orders and families of flowering plants: APG II. Botanical Journal of the Linnean Society 141: 399-436.</ref>
Va ser evident, en un curt període de temps, que els sistemes filogenètics de classificació desenvolupats durant la major part del {{segle|XX}} no reflectien adequadament les relacions filogenètiques entre les angiospermes. Per aquesta raó, un grup de taxònoms, autodenominats Grup per la Filogenia de les Angiospermes (o més conegut com a [[APG]], acrònim engonals para '''A'''ngiosperm '''P'''hylogeny '''G'''roup») van proposar en 1998 una nova classificació per a aquest grup de plantes en un treball denominat ''An ordinal classification for the families of flowering plants''.<ref>APG. 1998. An ordinal classification for the families of flowering plants. Annals of the Missouri Botanical Garden 85: 531-553.</ref> El sistema APG de 1998 comprenia 462 famílies disposades en 40 ordres i uns pocs grups superiors probablement [[monofilètic]]s. Aquests últims van ser informalment anomenats [[monocotiledònies|monocots]], commelinoides (després canviat a [[commelínids]]), [[eudicots]], eudicots nuclears, [[ròsids]] i [[astèrids]]. Cinc anys després, en 2003, els avanços dels estudis filogenètics en molts grups d'angiospermes van motivar la compilació i publicació d'un segon treball (''An update of the Angiosperm Phylogeny Group classification for the orders and families of flowering plants: APG II'') conegut com a [[sistema de classificació APG II]], en el qual es van aprofundir les anàlisis prèvies, afegint nous ordres i circumscrivint novament algunes famílies.
