Al principi només hi havia els [[r-commands]], que estaven basats en el programa [[rlogin]], que funciona d'una forma similar al [[telnet]]. La primera versió del protocol i el programa eren lliures i els va crear un suecfinlandes anomenat [[Tatu Ylönen]], però la seva llicència va anar canviant i va aparèixer la companyia [[SSH Communications Security]], que ho oferia gratuïtament per l'ús domèstic i acadèmic, però exigia el pagament a altres empreses. L'any [[1997]] (dos anys després de la primera versió) es va proposar com a esborrany a l'[[Internet Engineering Task Force|IETF]]. A principis de [[1999]] es va començar a escriure una versió que es va acabar convertint en la implementació lliure per excel·lència, la d'[[OpenBSD]], anomenada [[OpenSSH]].
