SeEls solenquetògnats classificars'ha dintreclassificat tradicionalment com a dels [[deuteròstom]]s per les seves característiques en el [[desenvolupament embrionari]], malgrat tenir certes similituds amb el dels [[nematodes]],<ref>Karl Grobben 1908. [http://www.zobodat.at/pdf/VZBG_58_0491-0511.pdf Die systematische Einteilung1 des Tierreiches.]</ref> i la seva posició en l'arbre dels [[bilaterals]] va ser sempre incerta. [[Lynn Margulis]] i K. V. Schwartz els incloïenvan enincloure aquestdins grupels dintredeuteròstoms deen la seva classificació de 5 regnes.<ref>[http://sn2000.taxonomy.nl/Taxonomicon/TaxonTree.aspx?id=40615 Systema Naturae 2000 Taxon: Phylum Chaetognatha per Margulis and Schwartz] (select Margulis & Schwartz in 'Classification by') consulta 25/11/2006</ref> ElsNo obstant, les anàlisi exàmens [[molecular]]s, tanmateix, els associen amb els [[protòstom]]s, i [[Thomas Cavalier-Smith]] els va incloure en aquest grup en la seva teoria dels 6 regnes.,<ref>Cavalier-Smith, T. 2004. Only six kingdoms of life. ''Proc. R. Soc. Lond.'' B 271: 1251-1262. (pdf [http://sn2000www.taxonomycladocera.nlde/Taxonomiconprotozoa/TaxonTreecavalier-smith_2004_prs.aspx?id=40615pdf Systemaaquí]).</ref> Naturaei 2000sembla Taxonque ocuparien una posició basal dentro de los protóstomos.<ref>Thomas Hankeln et al. 2004, [https://www.researchgate.net/publication/262676142_Phylogeny_of_platyzoan_taxa_based_on_molecular_data PhylumPhylogeny Chaetognathaof perplatyzoan Cavaliertaxa based on molecular data.] Deep Metazoan Phylogeny: The Backbone of the Tree of Life, Chapter: 7, Publisher: Walter de Gruyter GmbH, Editors: J. Wolfgang Wägele, Thomas Bartolomaeus, pp.105-Smith125</ref> Més recentment es va proposar clasificar-los dins els [[Gnathifera]] perquè unas estructures presentes en la zona oral podrien ser [[Homologia (selectbiologia)|homòlogues]] Cavalier-Smitha inles dels altres integrants d'Classificationaquest by[[clade]].<ref>Bilateral Jaw Elements in Amiskwia sagittiformis Bridge the Morphological Gap between Gnathiferans and Chaetognaths. (2019). Current Biology, 29(5), 881–888.e1</ref> Estudis moleculars recents semblen confirmar-ho; alguns els situen en posició [[basal]], mientre que d'altres els ubiquen en una politomía amb [[Gnathostomulida]].<ref name="marletaz19">{{Cite journal|last5=Rokhsar|year=2019|pages=312–318.e3|issue=2|volume=29|journal=Current Biology|url=https://www.cell.com/current-biology/abstract/S0960-9822(18)31541-0|title=A consultanew 25spiralian phylogeny places the enigmatic arrow worms among gnathiferans|first1=Ferdinand|first5=Daniel S.|last1=Marlétaz|first2=Katja T. C. A.|last2=Peijnenburg|first3=Taichiro|last3=Goto|first4=Noriyuki|last4=Satoh|doi=10.1016/j.cub.2018.11.042}}</2006ref><ref>[https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rspb.2019.0831 Revisiting metazoan phylogeny with genomic sampling of all phyla]</ref> PelNo obnstant, és possible que fala alposició desenvolupament,[[basal]] tenendels certesquetògnats similitudssigui ambun elsartefacte degut a la [[nematodesatracció de branques llargues]].
Alguns autors els relacionen amb els [[conodont]]s, que al seu torn estan relacionats amb els [[vertebrats]], i més concretament amb els [[protoconodont]]s, que actualment es consideren quetògnats i que es coneixen només per algunes dents.<ref>Protohertzina anabarica Missarzhevsky, 1973</ref>
