L'exegesi científica troba els seus arrels en l'[[humanisme]] des de la fi del {{segle|XV}}. El protestantisme va continuar l'estudi crític, enllà de la interpretació única i canònica imposada pel magisteri romà. Els tres principals corrents exegètics de la [[Reforma Protestant|Reforma]] foren representats per [[Huldrych Zwingli]], [[Martí Luter]] i [[Joan Calví]]. El primer seguí la visió humanística de l'època, segons la qual calia llegir la Bíblia com tots els altres llibres.<ref>{{ref-llibre|nom=Johann Gottfried |cognom= Eichhorn|enllaçautor=Johann Gottfried Eichhorn|lloc= Leipzig | data= 1787 | editorial=Weidmann und Reich|url= http://www.mdz-nbn-resolving.de/urn/resolver.pl?urn=urn:nbn:de:bvb:12-bsb10410486-8|llengua = alemany| títol=Einleitung ins Alte Testament|ref= Einleitung ins Alte Testament}} (traducció del títol: Introducció a l'Antic Testament)</ref> Luter, per al qual la Bíblia era el llibre d'espiritualitat del cristià, introduí una distinció entre l'Antic Testament (llibre de la Llei) i el Nou Testament (llibre de la Gràcia). Calví sostingué la necessitat de posseir l'Esperit Sant per a una recta exegesi i la no-distinció d'ambdós Testaments, pel fet que tenen el mateix Esperit Sant com a autor. L'exegesi protestant posterior ha seguit més el corrent calvinista que no el luterà.<ref name="gec" />
