Es calcula que el llac es va formar fa més d'un milió d'anys, pels plecs de les plaques tectòniques de la regió montenegrina durant el [[cenozoic]]. El mar va inundar la zona fins a [[Podgorica]] però posteriorment es va enretirar durant el [[Pliocè]], deixant el llac aïllat.
El llac conté una àmplia biodiversitat, especialment d'ocells, amb més de 270 espècies diferents localitzades. Els [[pelicà|pelicans]] europeus són una de les més preuades, així com altres aus migratòries que s'aturen al llac en el seu viatge anual. A les seves aigües viuen 34 tipus de peixos, 7 dels quals són endèmics del llac.<ref>Talevski, Milošević, Marić, Petrović, Talevska and Talevska (2009). Biodiversity of Ichthyofauna from Lake Prespa, Lake Ohrid and Lake Skadar. Biotechnology & Biotechnological Equipment, 23(2). ISSN 1310-2818</ref> Ocupa un lloc especial en l'estudi de l'evolució dels ''Bithynia'', un tipus de cargols aquàtics, animals molts comuns al llac (amb un 31% d'endèmics). Conté més de 900 tipus d'algues diferents i 17 espècies d'[[amfípode]]s, que viuen sota el sòl (10% dels quals d'endèmics). Hi ha 21 espècies que viuen a l'ecosistema del llac que estan protegides a la [[Llista Vermella de la UICN]], especialment amenaçades per la creixent [[eutrofització]] de les seves aigües.
