La regió on es troba Zapoliarni estigué sota sobirania finlandesa del 1920 al 1944. El 1956 una localitat fou creada amb el nom de Jdànovsk en el marc de l'explotació de jaciments de coure i níquel. Rebé l'estatus d'entitat urbana el 1957 i el de ciutat el 1963, quan prengué el nom de Zapoliarni. L'entitat urbana de Gorni fou annexionada a Zapoliarni el 30 de març de 1967.