El lloc on Gouda es troba actualment era al voltant de l'any 1000 un terreny pantanós esquitxat de rierols com ara el Gouwe. Al llarg de les ribes del Gouwe es va començar a extreure torba al segle xi i el segle xii, concretament on avui estan situats el mercat i l'ajuntament. En 1143 es menciona el nom de Gouda per primera vegada en una carta del bisbe d'Utrecht. Al voltant de 1225 es va comunicar a través d'un canal el Gouwe amb el Vell Rin i la desembocadura del Gouwe a l'IJssel va ser engrandida fins a construir un port. El castell de Gouda va servir per donar defensa a aquest port.
La ruta així creada va ser utilitzada per al comerç de Flandes i França amb Holanda i la zona del Mar Bàltic. El 1272 el comte Florenci V d'Holanda va atorgar els furs a la ciutat, que mentrestant havia adquirit una considerable importància. Hi va haver de patir dos incendis importants el 1361 i 1438. El 1572 la ciutat va ser ocupada pels protestants revoltats contra Felip II, van incendiar un monestir de la ciutat i van saquejar un altre més. El 1577 es va dur a terme la demolició del castell. Com moltes altres ciutats dels Països Baixos, Gouda també va ser afectada per la pesta en 1602. Fins a 1.750 no va arribar a recuperar-la xifra de població perduda.
A partir de 1830 es comencen a enderrocar les muralles de la ciutat, acabant-se amb l'última porta d'accés a la ciutat el 1854, i el 1855 entra en servei el ferrocarril Gouda-Utrecht.
El 1940 va ser terraplenament el canal Nieuwehaven, al qual van seguir més després de la Segona Guerra Mundial. El 1944 l'estació de tren va ser destruïda per un bombardeig aliat. El 1977 es va traslladar el mercat de bestiar porcí, el més gran dels Països Baixos, a terrenys fora de la ciutat.
Ajuntament (Stadhuis): es tracta d'un dels ajuntaments d'estil gòtic més antics dels Països Baixos. Va ser construït en pedra entre 1448 i 1450, després de l'últim gran incendi, sofrint alguna modificació en 1692 i 1880. L'última restauració va tenir lloc en 1996. L'escalinata d'estil renaixentista data de 1603. El carilló del lateral és dels anys seixanta i es tracta d'un regal del director d'una companyia d'assegurances.
Pes públic (waag): edifici on es pesaven els formatges, com l'ajuntament està situat en la plaça del mercat (Markt). La seva construcció fou encarregada a Pieter Post el 1668.
Església de San Joan Baptista (Sint Janskerk): amb 123 m de llarg és l'església de major longitud dels Països Baixos. L'església va cremar tres vegades, dues d'elles a causa d'incendis que pràcticament van destruir la ciutat, en 1361 i 1438, i la tercera vegada el gener de 1552, al caure un llamp sobre la torre, resultant totalment destruït l'interior. Després es va reconstruir en la forma que encara es conserva avui dia.
Són famoses les seves vidrieres cromades. Vint de les setanta finestres són obra dels germans Crabeth i van ser col·locades entre 1530 i 1603. Després de la Reforma va prosseguir la instal·lació de les vidrieres, si bé la seva temàtica va canviar bastant. Entre les seves vidrieres destaca la famosa Vidriera del Rei que Felip II donà en 1557 al costat de la seva esposa Maria I d'Anglaterra i les quals donà Guillem d'Orange i la seva esposa Anna de Saxònia, llavors aliat de la Corona espanyola i pocs anys després el seu major enemic. L'església es va construir originalment com església catòlica, pel que es va realitzar en forma de creu i es va posar sota l'advocació de Sant Joan Baptista. La història d'aquest sant es conta en els finestrals de la volta de la capçalera. En 1572, quan Gouda va abraçar la Reforma, es van llevar totes les estàtues i altars. Les vidrieres no van ser danyades pels iconoclastes i els saquejadors, sinó que, al contrari, van ser respectades i conservades. Les vidrieres també van sobreviure a l'època de la Revolució francesa i durant la Segona Guerra Mundial, foren prudentment desmuntades i guardades en un lloc segur. El segon dimarts de desembre se celebra la tradicional nit de les veles.