El club fou fundat el 1911. Va guanyar la lliga soviètica set cops (1946, 1947, 1948, 1950, 1951, 1970, 1991), la copa soviètica cinc cops (1945, 1948, 1951, 1955, 1991), a més de diverses lligues, copes i supercopes russes. El CSKA rep el sobrenom de Koni (cavalls en rus) pel fet que els jugadors que fitxaven pel CSKA solien ser allistats a l'exèrcit i assignats a unitats de la cavalleria. Des de la dissolució de l'URSS ha estat sota l'ombra del Spartak de Moscou guanyant només la Lliga Russa en tres ocasions (2003, 2005 i 2006), així com la Copa en 3 (2002, 2005, i 2006). El CSKA Moscou va guanyar la Copa de la UEFA l'any 2005, derrotant l'Sporting de Lisboa 3-1, convertint-se en el primer club rus a obtenir un títol europeu. Recentment ha rebut el suport financer de l'empresa petroliera Sibneft, propietat del multimilionari rus Roman Abramóvitx. El PFK CSKA Moscou juga actualment a l'Arena Khimki, ja que el club està construint un nou estadi en propietat amb capacitat per a 30.000 espectadors asseguts.
Històricament ha rebut les següents denominacions:[1]
- 1911-1922 - Obshestvo Lyubiteley Lyzhnogo Sporta (OLLS) (Societat Amateur d'Esports d'Esquí)
- 1923 - Opytno-Pokazatel'naya Ploschadka Vseobucha (OPPV) (Pati Experimental i Demostratiu de l'Associació d'Educació Militar)
- 1924-1927 - Opytno-Pokazatel'naya Ploschadka Voenveda (OPPV) (Pati Experimental i Demostratiu de l'Administració Militar)
- 1928-1950 - Sportivnyi Klub Tsentral'nogo Doma Krasnoy Armii (CDKA) (Club Esportiu de la Casa Central de l'Exèrcit Roig)
- 1951-1956 - Sportivnyi Klub Tsentral'nogo Doma Sovetskoy Armii (CDSA) (Club Esportiu de la Casa Central de l'Exèrcit Soviètic)
- 1957-1959 - Tsentral'nyi Sportivnyi Klub Ministerstva Oborony (CSK MO) (Club Esportiu Central del Ministeri de Defensa)
- 1960-Present - Tsentral'nyi Sportivnyi Klub Armii (CSKA) (Club Esportiu Central de l'Exèrcit)